Kostel Nejsvětější Trojice v Kolíně leží nedaleko náměstí v areálu bývalého kapucínského kláštera. Po dobu oprav kostela svatého Bartoloměje farnosti slouží jako hlavní kostel. Spolu s klášterem je chráněn jako kulturní památka České republiky.

Kapucínský klášter byl postaven v letech 1666-71 východně od tehdejších městských hradeb a přestavěn 1739-41. Po velkém požáru 1796 kvůli nedostatku prostředků proběhly jen nejnutnější opravy, definitivní oprava se uskutečnila až v letech 1908-13 za účasti emauzských beuronských benediktinů. Klášter byl zrušen 1950, obnoven po roce 1990 jako jezuitský noviciát, v současnosti slouží jako jezuitský exerciční dům.
Klášterní kostel Nejsvětější Trojice je jednolodní, prostý, obrácený k jihu. Dnešní průčelí pochází z přestavby v letech 1908-13, nad původním raně barokním vstupním portálem z roku 1671 se dochovala mnohokrát opravovaná nástěnná malba sv. Trojice z roku 1902, další soudobé malby ve zbylých štukových rámech (pod římsou dva a ve štítu původně s freskou sv. Františka) byly překryty fasádou při opravě po roce 1950. Dnešní vzhled získal areál po další rekonstrukci, provedené z podnětu P. Augustina Kubese na počátku dvacátého století.
Od roku 1991 slouží jezuitskému řádu Milosrdných bratří.